Em 2017, Ederson foi diagnosticado com câncer no testículo e se recuperou, voltando a ficar à disposição do Flamengo com cinco meses pela frente do último contrato assinado. Ao final do vínculo, deixou o clube, que alegou ter dado todo o suporte para a recuperação do tumor no ex-atleta. Ele disputou 38 jogos e marcou quatro gols durante as três temporadas e meia que esteve no Fla.